Trước năm 2000, địa bàn huyện Bác Ái hiện nay là một phần huyện Ninh Sơn.

Ngày 6 tháng 11 năm 2000, Chính phủ ban hành Nghị định 65/2000/NĐ-CP[3]. Theo đó, tách 9 xã: Phước Bình, Phước Đại, Phước Chính, Phước Hòa, Phước Tân, Phước Thắng, Phước Thành, Phước Tiến, Phước Trung thuộc huyện Ninh Sơn để thành lập huyện Bác Ái.

Sau khi thành lập, huyện có 103.090,18 ha diện tích tự nhiên và 29.835 người với 9 xã trực thuộc.

Ngày 21 tháng 9 năm 2007, Chính phủ ban hành Nghị định 147/2007/NĐ-CP[4]. Theo đó:

• Giải thể xã Phước Thắng, địa bàn sáp nhập vào các xã Phước Thành và Phước Đại
• Thành lập xã Phước Thắng (mới) trên cơ sở điều chỉnh một phần diện tích, dân số của các xã Phước Chính, xã Phước Tiến và toàn bộ dân số của xã Phước Thắng cũ.